De acuerdo a lo establecido en su acta constitutiva, la fundación tiene entre sus objetivos principales, atender el mantenimiento y funcionamiento del Hospital Escuela u Hospital Universitario, organizar el sistema de atención médica; realizar tareas de investigación científica por sí o en colaboración con otras instituciones. Además puede cooperar en obras educativas de investigación científicas, cultural, asistenciales, de promoción comunitaria, artística o deportiva que realice la Universidad del Salvador u otras fundaciones o instituciones privadas de promoción universitaria o científica.
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